目前治疗巧克力囊肿有效的方法有3种、传统囊肿手术治疗、腹腔镜、超声介入治疗。巧克力囊肿较大时应该采用超声介入治疗。
传统的妇科对于较大的巧囊一般都是做手术，一了百了，收取高额的手术费用。超声介入治疗需要超声科与妇科联合治疗，但是大医院分工很细。目前介入治疗只是在心血管病方面发展的比较快，国内外医院将介入治疗重点放在恶性肿瘤治疗，对于这些常见的妇科良性病投入不大。针对这种情况，河北省河北省红十字基金会中西医结合医院建立介入治疗妇科病特色专科，经过10几年的临床应用，治疗患者上万例，通过网络联系治疗了加拿大、西班牙、澳大利亚等国家的患者，在介入治疗领域走到了世界前列。
腹腔镜和手术治疗巧囊很容易复发，是手术行为，手术治疗巧囊是破坏性行为，只要弄破囊壁，囊液流出来，流到哪里就在那里复发。而超声介入治疗不是手术，是B超引导下细针穿刺，抽囊液，注入药物杀死异位病灶的过程，无损伤，无副作用，不影响卵巢功能，不影响以后生育，不会弄破囊肿，所以不会复发。我们承诺如果复发免费治疗。
对于没有生育过的病人，超声介入治疗是首选，因为不会伤害到卵巢，巧囊治愈后会提高怀孕几率。而传统的手术将囊肿剥离时，有可能造成囊肿破裂，最后导致将卵巢切除，失去生育能力。不过，可以告慰患者的是：卵巢巧克力囊肿，只是卵巢的一种瘤样病变，它恶变成恶性肿瘤的机会很少。
药物只能抑制囊肿生长或不进展，但不能达到治愈的目的，且停药后复发率高。
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赵仲光，原石家庄联谊医院院长，国内知名超声介入治疗专家，现就职于河北省红十字基金会中西医结合医院 。开展超声引导下介入治疗工作近20年，积累了丰富的介入治疗经验和娴熟的穿刺技术。94-95年先后在北京301医院董宝玮教授、北京大学肿瘤医院陈敏华教授指导下进修学习微波和射频介入治疗肝癌的技术，受益匪浅。97年在北京大学人民医院李建国教授、北京协和医院姜玉新教授指导下开始研究子宫肌瘤、巧克力囊肿、卵巢囊肿超声引导下介入治疗技术，于2000年通过了省级科研成果鉴定，同年获省科技成果二等奖。